Chór zakonny to pomieszczenie znajdujące się za ołtarzem głównym. Stanowi najbardziej wysuniętą na zachód część świątyni. Wybudowano go w tysiąc sześćset siedemnastym roku. Miejsce to służy zakonnikom do modlitw i nabożeństw bez udziału świeckich wiernych.

Pomieszczenie ma jedenaście metrów długości, dziesięć metrów szerokości, a wysokość wynosi jedenaście metrów. Elementy wyposażenia wnętrza wykonano w stylu manierystycznym. Charakteryzuje się on nagromadzeniem elementów zdobniczych. Znajdują się tu: ołtarz z potężną nastawą, ogromne malowidła ścienne, rzeźby, płaskorzeźby, stalle, czyli drewniane ławy.

Ołtarz i nastawa, czyli wysokie zdobienie stołu ołtarzowego stanowią drugą stronę ołtarza głównego bazyliki. Zajmują niemal całą wschodnią ścianę pomieszczenia. Został wykonany z drewna polichromowanego, czyli pomalowanego na czarno. Zawiera wiele złoceń na kolumnach, ramach, figurach aniołów. Centrum to kilkumetrowa drewniana rzeźba Chrystusa ukrzyżowanego. Za figurą Chrystusa znajduje się płaskorzeźba wykonana ze srebrnej blachy. Przedstawia krajobraz ścieżek kalwaryjskich. Nad krzyżem umieszczono  kolistą złoconą tarczę otoczoną promieniami. W środku znajduje się rzeźbiona biała gołębica - symbol Ducha Świętego.

Wokół pozostałych ścian chóru zakonnego biegną drewniane stalle oraz galeria.

Stalle składają się z dwóch rzędów ław. Pierwszy rząd znajduje się na poziomie podłogi. Za nim, na wysokości około połowy metra, biegnie drugi rząd ław. Nad ławami umieszczono drewniany baldachim, rodzaj zadaszenia. Wspiera się on na kolumnach. Baldachim stanowi podłogę galerii okalającej chór na wysokości około trzech i pół metra. Stalle są bogato zdobione. Oparcia ław w pierwszym rzędzie wykonano w technice intarsji. Polega ona na tworzeniu wzorów poprzez łączenie elementów drewna w różnych gatunkach. Posiadają one różne odcienie brązu. W tym przypadku wzór stanowią geometryczne linie wygięte pod kątem prostym oraz układ prostokątów. Oparcia drugiego rzędu ław zdobią płaskorzeźbione sceny z życia Jezusa oraz Marii, na przykład: Zwiastowanie, Odwiedziny u świętej Elżbiety, Ukrzyżowanie. Poszczególne sceny oddzielają płaskorzeźbione ramy, kwiaty, twarze aniołów.

Galerię otacza bogato dekorowana balustrada złożona z regularnych pionowych listew, tak zwanych tralek. Pomalowano je we wzór naśladujący biały marmur z szarymi żyłkami oraz niebieskie i czerwone linie. Szeroką poręcz balustrady zdobią rzeźbione dzbany ze słonecznikami.

Sklepienie chóru pokrywa potężne malowidło. Namalowano tu elementy architektury w postaci wygiętych gzymsów oraz grupę ludzi. Postacie przedstawiono na owalnym obszarze. To tak zwana alegoria miłosierdzia. W centrum jest Matka Boża z Dzieciątkiem Jezus. Matka Boża ma ciemne włosy, łagodny wyraz twarzy. Ubrana jest w niebieski rozwiany płaszcz i różową suknię. Przed nią stoją lub klęczą: dwaj zakonnicy, dwaj starcy, kobieta o ciemnych włosach, jasnowłosa kobieta z dzieckiem na kolanach, mężczyzna z nagim torsem. W czterech rogach sklepienia namalowano portrety świętych w brązowych habitach: Bernardyna ze Sieny, Antoniego z Padwy, Bonawentury i Szymona z Lipnicy.

Pomieszczenie oświetla światło dzienne wpadające przez dwa okna w zachodniej ścianie. Podłogę wykonano z kamiennych kwadratowych płyt - białych i czarnych.

W chórze zachował się drewniany pulpit na księgi liturgiczne. Zawierają one  zapisy pieśni i modlitw do nabożeństw. Pulpit zdobią intarsjowane wzory z literami z imion Jezusa i Maryi.

Rzeźba Chrystusa w ołtarzu to pamiątkowy krucyfiks Mikołaja Zebrzydowskiego z kaplicy zamkowej na Lanckoronie.