Kościół wzniesiono w XV wieku. Został wykonany  z drewna modrzewiowego. Urzekająca prostotą budowla jest niewielka - to 96 metrów kwadratowych powierzchni użytkowej. Ma  16 metrów długości, 8 metrów szerokości oraz 13 metrów wysokości.  Budowlę nakrywa  dwuspadowy dach. Oznacza to, że od górnej krawędzi połacie dachu opadają na dwie strony. W połowie długości dachu wznosi się tak zwana sygnaturka. To wieżyczka wysoka na około dwa metry, zwieńczona krzyżem. Kościół składa się z nawy i prezbiterium. Nawa to część przeznaczona dla wiernych. Ma wymiary 8 na 8 metrów. Zajmuje połowę długości całego kościoła. W miejscu, gdzie kończy się nawa, obrys budowli zwęża się symetrycznie o metr. Szerokość prezbiterium wynosi więc sześć metrów. Zamykająca je ściana ma trójboczny kształt: skośna ścianka, prosta, skośna. Cały kościół jest jednolicie ciemnobrązowy.

Krótsza ściana nawy to ściana zachodnia. W niej umieszczono masywne drewniane drzwi (obecnie nieużywane) oraz małe okienko. Prostopadła do niej ściana południowa ma wejście z wysokim kamiennym progiem i portykiem wyciętym w kształt liścia. Na tej ścianie znajdują się cztery prostokątne okna. Trójboczna ściana zamykająca prezbiterium jest wschodnia. Druga ściana długiego boku budowli - północna.

Wokół całego kościoła  biegnie drewniany  daszek. To podcienia. Daszek  przymocowany jest do ścian na wysokości około trzech metrów. Opada ukośnie w dół i wspiera się na słupach wysokich na niecałe dwa metry. Wzdłuż dolnej krawędzi biegną wyciosane z drewna półokrągłe rynny. Dach,  trzy ściany do linii podcieni oraz ich  daszek  pokryte są gontem. Wąskie prostokątne deseczki ciosano tak, by jedna zachodziła na drugą niczym łuski.  Jedynie ściana zachodnia obita została pionowymi deskami. Ściany w dolnej części, pod podcieniami, nie mają gontu ani desek. Pozostawiono tutaj nieosłonięte prostokątne belki, grube na około 40 centymetrów. Stanowią zasadniczą konstrukcję kościoła. Biegną poziomo, przez całą długość ściany. Na rogach budowli łączą się ze sobą dzięki wyciosanym zagłębieniom. Jedna belka zachodzi na drugą – bez użycia gwoździ. Jest to tak zwana konstrukcja zrębowa. Posadzkę podcieni stanowią nierówne polne kamienie. Podcienia zwane są także „sobotami”. Nazwa wywodzi się  stąd, że parafianie z odległych okolic przybywali do kościoła już w sobotę, żeby wziąć udział w niedzielnej mszy. Nocowali właśnie pod dachem podcieni. Dawał on strudzonym wiernym schronienie przed wiatrem, deszczem, śniegiem.

Kościół świętego Leonarda jest kościołem orientowanym, czyli prezbiterium z ołtarzem głównym jest zwrócone na wschód.  Ma to znaczenie symboliczne: ze wschodu, od strony Jerozolimy, ma nadejść Chrystus w czasach ostatecznych. Lipnicka świątynia, jako jedyna spośród sześciu drewnianych świątyń Małopolski i Podkarpacia wpisanych na listę UNESCO, zachowała się do dziś w prawie niezmienionym stanie. Dzięki temu, schylając głowę pod niskim dachem podcieni, opierając się o chropowate belki, możemy się na chwilę poczuć jak szukający wytchnienia  dawni wędrowcy.